Resume Jurnal Bioinformatika Perikanan

Resume Jurnal Bioinformatika Perikanan
PENDEKATAN METAGENOMIK DAN BIOINFORMATIKA UNTUK MENGANILISIS KOMUNITAS MIKROBA LAUT DI INDONESIA

Resume dari jurnal http://ejournal.undip.ac.id

1.       Pendahuluan
Mikroba adalah komponen penting dalam biota bumi, karena berperan sebagai biokatalis dan pentransformasi berbagai siklus biogeokimia biosfer. Isolasi mikroba biasanya dilakukan dengan mengisolasi secara langsung namun hal ini memiliki kendala karena kurang dari 1% mikroba saja yang dapat diisolasi. Dengan demikian sebagian besar mikroba yang ada belum dikenal ataupun dimanfaatkan.
Kenyataan tersebut telah merangsang pengembangan metagenomik dan didukung oleh bioinformatika. Metagenomik adalah analisis genom dari mikroba tanpa pengulturan mikroba. Keberhasilan mengungkap, mengisolasi, mengidentifikasi, menyimpan secara benar dan membuat database bakteri laut Indonesia dapat menyukseskan program sensus biota laut Indonesia. Diharapkan pula koleksi mikroba yang tersedia dapat dimanfaatkan secara berkesinambungan untuk membuka peluang pemanfaatan selanjutnya.

2.       Keragaman Komunitas Mikroba Laut
Air laut padat dengan mikroba yang mempunyai karakter spesifik, yaitu tahan pada salinitas tinggi, suhu, cahaya, dan lingkungan ekstrim lainnya. Bakteri genus Pseudomonas, Vibrio, dan Flavobacterium dianggap mampu menggambarkan hasil survei diversitas mikroba tanpa memerlukan kultivasi.

3.       Perbandingan Culture Dependent dan Independent berbasis rRNA
Inventarisasi populasi mikroba laut dengan menggunakan teknik ini telah banyak dikembangkan. Melalui pendekatan teknik rRNA dengan melakukan penyusunan pustaka klon gen 16S rRNA, analisis rRNA target dengan pelacak oligonukleotida menggunakan teknik fluorescence in situ hybridization, dan denaturing gradient gel electrophoresis berdasarkan amplifikasi rDNA dengan PCR, maka dapat ditunjukkan dinamika populasi mikroba laut yang begitu tinggi diversitasnya dalam waktu relatif singkat.

4.       Pendekatan Metagenomik
Salah satu teknik dalam analisis komunitas mikroba di alam ialah DGGE ataupun Temperature Gradient Gel Electrophoresis, dengan DGGE juga terlihat bakteri-bakteri yang beerperan dalam komunitasnya.

5.       Peranan Bioinformatika
Bioinformatika memegang peranan penting yaitu dalam proses pembacaan sekuen DNA. Pada saat ini banyak pekerjaan bioinformatika berkaitan dengan teknologi database. Database dari sekuen data yang ada dapat digunakan untuk mengidentifikasi homolgi pada molekul baru yang telah dicek dan disekuenkan di laboratorium. Setelah informasi dari database diperoleh, langkah berikutnya ialah  menganalisis data. Pencarian database umumnya berdasarkan pada hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein.

6.       Prospek dan Aplikasi Pemanfaatan ke Depan
Keanekaragaman mikroba yang dapat hidup di laut Indonesia patut untuk dikonservasi serta dimanfaatkan untuk telaah potensinya di masa datang. Hasil analisis pusataka dengan bantuan bioinformatika akan diperoleh informasi genetika mikroba di suatu komunitas sehingga dapat digunakan untuk keperluan bioremediasi. Analisis terhadap pustaka genom yang telah diperoleh dapat digunakan untuk memperoleh biokatalis dan atau senyawa bioaktif bernilai ekonomi tinggi. Metagenomik tidak hanya dimanfaatkan aplikasinya dalam penelitian terapan, tetapi juga dapat digunakan untuk memperoleh pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroba di suatu lingkungan.

Posted in: Resume,Tugas